John Yoshio Naka wurde am 16. August 1914 in Denver, Colorado geboren. Er und seine Familie kehrten mit acht Jahren in ihre Heimat Japan zurück. Mit seinem Großvater als ständiger Begleiter beobachtete er, wie seine Alten die Bäume formten und trimmten.
Als er 19 Jahre alt war, nahm John Landschaftsgestaltung auf. Er lernte die Grundlagen in der Beziehung der Natur – Bäume, Raum und Stein. Nach Abschluss seiner Ausbildung setzte er sein Studium mit einer renommierten Kunstschule in Japan fort.
Aufgrund des Baukriegs in Japan im Jahr 1935 befürchtete sein Vater, dass John möglicherweise eingesetzt werden könnte. John wurde nach Colorado zurückgeschickt, um mit seinem brutalen Sadao zusammenzuleben. Er heiratete Alice Toshito Mizunaga im Jahr 1936. Sie hatten drei Söhne: Eugene, Robert und Richard.
Die Familie zog 1946 nach Los Angeles. Hier arbeitete John als Landschaftsgärtner und konzentrierte sich auf japanische Gärten. John Naka schlug eine Freundschaft mit Sam Doi und wurde ermutigt, Bücher über Bonsai-Techniken zu lesen.
Seine erste Arbeit war die Montezuma Cypress. Es war eine 36 Zoll große Fünf-Gallonen-Pflanze, die in Südkalifornien angebaut wurde. Jahre später wuchs diese Pflanze auf der gleichen Höhe weiter. Baum produzierte auch zweimal kleine Kegel.
Zu diesem Zeitpunkt wurde John Naka als Bonsai-Künstler wahrgenommen. Zusammen mit anderen Freunden, Fumiko Nagata, Ai Okumura, Joseph Yamashiro und Morihei Furuya, gründete Naka den Südkalifornischen Bonsai Club.
Von lokalen Lehrer, Naka fuhr fort, ein nationaler Lehrer in der Kunst der Bonsai zu werden. Er nahm an Symposien teil, wo er in den 1970er Jahren der „Bust Speaker“ war. Einige seiner Arbeiten wurden in Zeitungsartikeln und im „Bonsai Journal“ veröffentlicht. Hier illustrierte er Schritt für Schritt die Verwandlung eines in einer Baumschule gezüchteten Wacholders zu
das Zentrum eines Bonsai-Gartens.
Dann eroberte Naka die globale Szene, indem er verschiedene Länder besuchte und auch Bonsai-Enthusiasten über seine Kunst ausbildete. Seine Sammlungen von Bonsai-Kunst wurden unzählige Male gesehen. Sie wurden in unzähligen Büchern veröffentlicht.
John Naka sagte einmal, dass er seine Werke als seine Enkel betrachtete. Deshalb kann sein Interesse und seine Leidenschaft für Bonsai von allen gesehen werden.
Die National Bonsai Foundation ist eine Non-Profit-Organisation, die Naka zu einem der ehrenamtlichen Berater der Stiftung gewählt hat. Im Laufe der Jahre wurde Naka auch in dem Sinne legendär, dass er Gebäude nach ihm benannt hat. In der Tat ist nach ihm ein Workshop-Raum benannt, den sie als „Vater des beliebten Bonsai“ bezeichneten.